科学的方法也就是科学研究方法，也包括三个内容：逻辑化、定量化和实证化。

科学研究显然起源于哲学，而哲学研究所建立的逻辑化正是科学方法的一个关键内容。在使用哲学的逻辑化开展科学研究的过程中，定量化是必不可少的。没有定量化，就无法通过归纳建立模型，也无法对模型进行演绎来做出预言，并被进一步的观测或者实验检验。数学的研究所建立的各种计算方法和工具使得科学研究和现在一般意义上的哲学研究开始分道扬镳。而科学研究的定量化又使得科学研究的成果能够得到实际应用，这是科学和哲学彻底分离的最显著标志。

实证化则是最需要被强调的科学研究方法。从天文学的发展都可以看到，每一次重要的进展都是当旧的模型的预言和新的观测结果矛盾、或者旧的模型完全没有预言的观测结果无法在用旧的模型进行解释。旧的模型可以被新的观测或者实验所推翻或者修改，但是这些旧的模型都是科学理论，是追求“唯一”正确的科学理论的历程中所必须经过的阶段。例如，爱因斯坦在建立了广义相对论理论之后，他不但解释了水星近日点的反常进动，而且还预言了光线的引力偏折将是区分广义相对论和牛顿引力理论的关键。正是光线的引力偏折观测结果确立了广义相对论理论的正确性。